Cumhuriyet savcılarının yetkileri hususunda özellik arzeden, yer bakımından yetki konusudur. Zira savcılık teşkilatının birliği ve bütünlüğü ilkesi gereği, yer bakımından yetki dışındaki yetki çeşitleri itibariyle, aynı başsavcılık bünyesinde bir ayrım söz konusu olmamaktadır.
Cumhuriyet savcılarının yer bakımından yetkisi ile ilgili açık bir düzenleme, CMK’nın 161. maddesine eklenen yedinci fıkra ile yapılmıştır. Söz konusu hükme göre; “Yetkisizlik kararı ile gelen bir soruşturmada Cumhuriyet savcısı, kendisinin de yetkisiz olduğu kanaatine varırsa yetkisizlik kararı verir ve yetkili savcılığın belirlenmesi için soruşturma dosyasını, yargı çevresinde görev yaptığı ağır ceza mahkemesine en yakın ağır ceza mahkemesine gönderir. Mahkemece bu konuda verilen karar kesindir.”
Aslında bu düzenleme, Cumhuriyet savcılarının yer bakımından yetkisinden ziyade, bu konudaki yetki uyuşmazlığını ve bunun çözümünü düzenlemektedir. Başka bir ifadeyle, hüküm, Cumhuriyet savcılarının yer bakımından yetkisi hususunda açık bir düzenleme içermemektedir; böyle bir düzenlemeye gerçekte ihtiyaç da bulunmamaktadır. Çünkü yer bakımından yetki zaten 161. maddenin birinci fıkrasında düzenlenmiş bulunmakta ve “nezdinde görev yapılan mahkemenin yargı çevresi” olarak belirlenmektedir. Mahkemelerin yer bakımından yetkisi ise Kanunun 12-16. maddeleri arasında düzenlenmiş bulunmaktadır.
161. maddeye eklenen yedinci fıkra ile, savcılar (Başsavcılıklar) arasındaki yer bakımından yetki uyuşmazlığı, mahkemeler arasındaki yer bakımından yetki uyuşmazlığına kısmen benzer fakat daha seri bir biçimde ve savcılar (Başsavcılıklar) arasında henüz olumsuz yetki uyuşmazlığı çıkmadan çözülmek istenmektedir. Buna göre, soruşturmaya başlayan bir savcı, kendisinin (bağlı bulunduğu Başsavcılığın) yer bakımından yetkisiz olduğunu düşünüyorsa, yetkili olduğunu düşündüğü Başsavcılığa dosyayı gönderecektir. Soruşturma kendisine gönderilen Başsavcılık, kendisinin yetkili olduğunu düşünmekte ise soruşturmaya devam edecektir. Buna karşılık, dosya kendisine gönderilen Başsavcılık kendisinin de yetkisiz olduğu kanaatine varırsa, yetkisizlik kararı verecek ve dosyayı mercie gönderecektir. Kanun, yer bakımından yetki uyuşmazlığını çözüm mercii olarak, “en yakın ağır ceza mahkemesi”ni belirlemiştir. Buna göre, dosya yetkisizlikle kendisine gelen ve kendisinin de yetkisiz olduğunu düşünen Cumhuriyet savcısı, dosyayı, yargı çevresinde görev yaptığı ağır ceza mahkemesine en yakın ağır ceza mahkemesine gönderecektir.
Yer bakımından yetki uyuşmazlığının sınırdaş yargı çevreleri arasında çıktığı hallerde, uyuşmazlığı çözecek merci, ilk yetkisizlik kararını veren Cumhuriyet savcısının yargı çevresinde görev yaptığı ağır ceza mahkemesi olabilecektir. Şayet uyuşmazlık konusu soruşturma ağır cezalık ise, merci, ilerde kendisinin bakması muhtemel bir dava konusunda, henüz soruşturma aşamasında iken mahkemenin kendi yer bakımından yetkisini ilgilendiren bir karar da vermiş olacaktır. Bu durum, uyuşmazlık daha sonra önüne geldiğinde bu mahkemenin kovuşturma evresinde yer bakımından yetki konusunda vereceği karar bakımından da etkili olabilecektir.
Uyuşmazlığı çözen ağır ceza mahkemesinin Cumhuriyet savcılarının yer bakımından yetkisi konusunda verdiği karar kesindir. Buradaki kesinlik soruşturma evresiyle sınırlı olup, kovuşturma evresinde mahkemelerin verebilecekleri yer bakımından yetkisizlik kararlarını etkilememektedir. Başka bir ifadeyle, bu kesinlik sadece yer bakımından yetkili olduğu kararı verilen Cumhuriyet savcısını bu soruşturmayı yapmak zorunda bırakan bir kesinliktir.